Atelier ChIP-seq

Contexte

Cet atelier a lieu dans le cadre de l'Ecole de bioinformatique AVIESAN 2015, Station Biologique, Roscoff .

Organisation

Session Date De A Titre Aspects théoriques (diapos) Travaux pratiques
1 Mardi 29/09 08:30 12:30 ChIP-seq : qualité, normalisation et peak-calling.
  1. Qualité et normalization des données de ChIP-seq
  2. Introduction sur le peak-calling
  3. Diversité des approches
  4. les outils MACS et SICER
  5. Analyse différentielle
  1. Tutoriel peak Calling: Visualisation des signaux, création de fichiers type 'BigWig' avec correction par l'input, peak calling avec MACS, comparaison de réplicats biologiques.
2 Mardi 29/09 14:15 15:40 Annotation, visualisation et intégration de données ChIP-seq.
  1. Annotation génomique (gènes les plus proches, profil autour du TSS)
  2. Annotation fonctionnelle (enrichissement en termes fonctionnels, GREAT)
  1. Tutorial [HTML]
    1. Visualisation de l’enrichissement
    2. Gènes associés aux peaks
    3. Enrichissement en termes fonctionnels (GREAT)
3 Mardi 29/09 16:15 17:30 Détection de motifs dans les pics
  1. Découverte de motifs
  2. Comparing discovered motifs with transcription factor databases.
  3. Predicting binding sites
  1. Analyse de motifs dans les pics de ChIP-seq

Formateurs

  1. Carl Herrmann1
  2. Matthieu Defrance2
  3. Denis Puthier3
  4. Morgane Thomas-Chollier4
  5. Stéphanie Le Gras5
  6. Jacques van Helden3

    1. Cancer Regulatory Genomics group, Division of Theoretical Bioinformatics, DKFZ and IPMB, Universität Heidelberg,
      Web: website
      Build. TP3 - DKFZ Heidelberg (B080) Im Neuenheimer Feld 580 D-69120 Heidelberg.

    2. Laboratory of cancer epigenetics
      Université; Libre de Bruxelles
      Faculté de Médecine CP614. Route de Lennik, 808. 1070 Bruxelles, Belgium

    3. Lab. Technological Advances for Genomics and Clinics (TAGC)
      Web: website
      Aix-Marseille Université (AMU).
      INSERM Unit U1090, 163, Avenue de Luminy, 13288 MARSEILLE cedex 09. France

    4. CSB group, Institut de Biologie de l'École Normale Supérieure
      Institut de Biologie de l'École Normale Supérieure, 46 rue d'Ulm F-75230 Paris cedex 05 . France
      Web: website

    5. Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire (IGBMC).
      IGBMC, 1 rue Laurent Fries BP 10142 67404 Illkirch CEDEX
      Web: