- Denis Puthier (DP)
- Arnaud Sergé
- Nicolas Terrapon
Ce cours est disponible via un dépôt github à l’adresse suivante: https://github.com/dputhier/jgb53d-bd-prog_github
| Nom | Lien | Description |
|---|---|---|
| JGB53D | https://dputhier.github.io/jgb53d-bd-prog_github/ | Site du cours |
| GNU Bash | http://www.gnu.org/software/bash/ | Un interpréteur de commandes installé par défaut sur la pluspart des environnements Linux. |
| Python | https://www.python.org/ | Un langage très populaire dans la communauté bioinformatique. Pour ce cours, nous utiliserons la version 3 de Python. |
| Python | https://docs.python.org/3.3/ | Official site for the documentation of the Python langage. |
| Python Style Guide | https://www.python.org/dev/peps/pep-0008/ | Un guide concis pour les règles d’écriture en Python. |
| Pylint | http://www.pylint.org/ | C’est l’ordinateur qui vous note, plus le prof… |
| Python Cheat Sheet | python_refcard | Pour tricher mais pas trop… |
| Nom | Lien | Description |
|---|---|---|
| GTF dataset (5k transcripts) | http://pedagogix-tagc.univ-mrs.fr/courses/jgb53d-bd-prog/practicals/data/hg38_5k.gtf | An example dataset. |
Vous trouverez ci-dessous des informations portant sur les concepts nécessaires à la réalisation des travaux dirigés.
| Nom | Description |
|---|---|
| Bioinformatique: applications dans le contexte de la génomique | Les challenges en bioinformatique dans le domaine de la génomique notamment. |
| Vue d’ensemble du système Unix | Bash, arborescence, commandes de base, redirections, expressions régulières, réseau, exemple d’outils pour la bioinformatique… |
| Premiers pas avec Python | Hello world, manipulation de variables. |
| Les tableaux en python | Listes, tuples et dictionnaires. |
| Lire et écrire dans un fichier | la-classe ‘file’, modes-d’ouverture, fermeture du fichier |
| Les fonctions | définition et appel, passage d’arguments par noms, variable retour, portée des variables |
Vous trouverez ci-dessous la liste des exercices réalisés.
| Nom | Concept présentés |
|---|---|
| Découvrir le génome humain avec Unix | Quelques statistiques basiques sur le génome humain effectués programmatiquement via le langage Bash |
| Découvrir le génome avec bedtools | Consolidation des acquis sur les commandes de base. Présentation des commandes Bedtools (sortBed, mergeBed…) |
| Prise en main du langage avec ipython3 | manipulation de variables (int, float, str), listes. |
| Re-implémentation de la commande cut | Lecture de fichiers, méthodes des objets str, recherche dans l’aide, les listes. |
| Re-implémentation de la commande head | Lecture de fichiers, méthode sur l’objet file, structure conditionnelle, import du module sys, boucle while, boucle for. |
| Implémentation d’une commande count.py | Lecture de fichier, boucle for, listes, dictionnaires, module re (regular expression), l’importance du choix des structures de stockage. |
| Implémentation d’un programme tx_len.py | Lecture de fichier, boucle for, dictionnaires, listes, module re (capture de motif), structure conditionnelles. |
| Implémentation d’un programme nb_exons.py | Lecture de fichier, boucle for, dictionnaires, listes, module re (capture de motif), structure conditionnelles. |
| Exercice autour des fonctions. Créer des modules | Insertion de fonctions dans le code. création d’un module. |
| Créer un programme complet appelant les modules | Importer les modules dans un programme principal. Appeler ces modules. Créer un analyseur d’arguments |
| Calculer la taille des cDNAs | Consolider les acquis |
| Extraire une liste de transcripts ou de gènes | Consolider les acquis. |
| An introduction to the grammar of graphics (plotnine) | Découvrir le monde des graphiques avec plotnine. |
| Calculer la taille des introns | Créer un programme complet. |