Enseignants

  • Denis Puthier (DP)
  • Arnaud Sergé
  • Nicolas Terrapon
  • Eugène Christo-Foroux

Dataset

Nom Lien Description
GTF dataset (5k transcripts) http://pedagogix-tagc.univ-mrs.fr/courses/jgb53d-bd-prog/practicals/data/hg38_5k.gtf An example dataset.

Cours Unix

Nom Description
Vue d’ensemble du système Unix Bash, arborescence, commandes de base, redirections, expressions régulières, réseau, exemple d’outils pour la bioinformatique…
Découvrir le génome humain avec Unix Quelques statistiques basiques sur le génome humain effectués programmatiquement via le langage Bash
Découvrir le génome avec bedtools Consolidation des acquis sur les commandes de base. Présentation des commandes Bedtools (sortBed, mergeBed…)

Cours Python

Cours théoriques

Nom Description
Premiers pas avec Python Hello world, manipulation de variables, listes, tuples et dictionnaires.
Structures conditionnelles et boucles tester des conditions, parcourir des objets.
Lire et écrire dans un fichier la-classe ‘file’, modes-d’ouverture, fermeture du fichier
Les fonctions définition et appel, passage d’arguments par noms, variable retour, portée des variables

Exercices

Nom Description
Re-implémentation de la commande cut Lecture de fichiers, méthodes des objets str, recherche dans l’aide, les listes.
Re-implémentation de la commande head Lecture de fichiers, méthode sur l’objet file, structure conditionnelle, import du module sys, boucle while, boucle for.
Implémentation d’une commande count.py Lecture de fichier, boucle for, listes, dictionnaires, module re (regular expression), l’importance du choix des structures de stockage.
Implémentation d’un programme tx_len.py Lecture de fichier, boucle for, dictionnaires, listes, module re (capture de motif), structure conditionnelles.
Implémentation d’un programme nb_exons.py Lecture de fichier, boucle for, dictionnaires, listes, module re (capture de motif), structure conditionnelles.
Calculer la taille des cDNAs Consolider les acquis
Extraire une liste de transcripts ou de gènes Consolider les acquis.
An introduction to the grammar of graphics (plotnine) Découvrir le monde des graphiques avec plotnine.
Calculer la taille des introns Créer un programme complet.

Pour aller plus loin

Nom Description
Exercice autour des fonctions. Créer des modules Insertion de fonctions dans le code. création d’un module.
Créer un programme complet appelant les modules Importer les modules dans un programme principal. Appeler ces modules. Créer un analyseur d’arguments

Récréatif