| Nom | Lien | Description |
|---|---|---|
| site web d’Illumina | https://www.illumina.com/ | De nombreuses vidéo de présentation des technologies. |
| site web d’Oxford Nanopore | https://www.nanoporetech.com/ | Présentation du MiION et des ses applications. |
Vous trouverez ci-dessous des informations portant sur les concepts nécessaires à la réalisation des travaux dirigés.
| Nom | Description |
|---|---|
| Les approches hauts-débit en génomique | Les outils haut-débit et les challenges dans le domaine de la génomique. |
| Une introduction au RNA-Seq | Applications. Traitement des données RNA-Seq. |
| Annotation des génomes | Annotation : des génomes aux voies métaboliques, en passant parfois par les données transcriptomiques |
| Analyse statistique du transcriptome | Premiers éléments d’analyse statistique du transcriptome: (1) rappels des notions d’échantillonnage; (2) tests de comparaison de moyenne; (3) clustering. Sur base de biopuces, mais les TP incluront également quelques touches d’analyse de RNA-seq. |
Vous trouverez ci-dessous la liste des exercices réalisés.
| Nom | Concepts traités | Outils |
|---|---|---|
| Tutoriel RNA-Seq | Traitement de données RNA-Seq | Galaxy server, TopHat, FastQC, cufflinks, cuffmerge, IGV, samtool flagstat, UCSC genome Browser, UCSC table Browser, UCSC FTP web site, Ensembl gene search, R… |
| R quick tour | Opérations de base avec R (réalisée sous forme de démo durant les TP) | R, RStudio |
| Premier pas avec R | Opérations de base avec R (réalisée sous forme de démo durant les TP) | R, RStudio |
| RNA-seq sous R | Détection de gènes différentiellement exprimés sous R. | R, RStudio, DESeq2 |
| Contenu | Fichier |
|---|---|
| Table d’expression | denboer2009_GSE13425_Norm_Whole.tab.gz |
| Sous-types d’échantillons | denboer2009_GSE13425_sample_subtype.tab |
| Description des échantillons | GSE13425_phenoData.txt |